Hướng dẫn không tính tiền chậm nộp thuế theo Nghị định 252/2026/NĐ-CP

Từ ngày 01/07/2026, Nghị định 252/2026/NĐ-CP chính thức có hiệu lực, quy định chi tiết một số nội dung của Luật Quản lý thuế. Trong đó, các trường hợp không tính tiền chậm nộp thuế là nội dung doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý khi theo dõi nghĩa vụ thuế.

Không phải cứ phát sinh nợ thuế là mặc nhiên được miễn tiền chậm nộp. Doanh nghiệp chỉ được áp dụng chính sách này khi thuộc đúng trường hợp pháp luật quy định và có đủ căn cứ chứng minh.

Vậy khi nào không tính tiền chậm nộp thuế từ ngày 01/07/2026? Hồ sơ cần chuẩn bị gồm những gì? Thời gian không tính tiền chậm nộp được xác định ra sao? Bài viết dưới đây sẽ giúp doanh nghiệp hệ thống lại các quy định quan trọng.

1. Không tính tiền chậm nộp thuế là gì?

Tiền chậm nộp được tính đối với khoản thuế, khoản thu khác còn nợ sau thời hạn phải nộp theo quy định.

Tuy nhiên, pháp luật thuế có một số trường hợp đặc biệt mà người nộp thuế không bị tính tiền chậm nộp trong một khoảng thời gian nhất định.

Điều này không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp được xóa khoản thuế gốc.

Doanh nghiệp vẫn phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ nộp thuế. Chính sách chỉ tác động đến khoảng thời gian tính tiền chậm nộp nếu doanh nghiệp đáp ứng điều kiện theo quy định.

Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định cụ thể vấn đề này tại Điều 26.

2. Những trường hợp không tính tiền chậm nộp từ 01/07/2026

Theo khoản 3 Điều 26 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, có một số trường hợp đáng chú ý sau.

Trường hợp 1: Chưa được thanh toán từ nguồn vốn ngân sách nhà nước

Doanh nghiệp cung ứng hàng hóa, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước nhưng chưa được thanh toán có thể thuộc trường hợp không tính tiền chậm nộp.

Quy định cũng bao gồm nhà thầu phụ nếu được quy định trong hợp đồng với chủ đầu tư và được chủ đầu tư trực tiếp thanh toán.

Tuy nhiên, số tiền thuế được không tính chậm nộp không vượt quá số tiền ngân sách nhà nước chưa thanh toán.

Thời gian không tính tiền chậm nộp được xác định từ thời điểm đơn vị sử dụng ngân sách phải thanh toán nhưng chưa thanh toán cho đến khi thực tế thanh toán.

Đây là trường hợp doanh nghiệp cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho các dự án sử dụng vốn ngân sách cần đặc biệt lưu ý.

Trường hợp 2: Người nộp thuế được khoanh nợ

Nếu người nộp thuế thuộc trường hợp được khoanh nợ theo quy định của Luật Quản lý thuế thì tiền chậm nộp không được tính trong thời gian khoanh nợ theo quy định.

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ giữa khoanh nợ và xóa nợ thuế.

Khoanh nợ không làm mất nghĩa vụ thuế gốc. Đây là cơ chế xử lý đối với khoản nợ trong trường hợp đáp ứng điều kiện luật định.

Trường hợp 3: Các trường hợp được pháp luật quy định không tính tiền chậm nộp

Nghị định 252/2026/NĐ-CP đồng thời dẫn chiếu các trường hợp không tính tiền chậm nộp theo quy định của pháp luật.

Vì vậy, khi phát sinh một trường hợp đặc thù, doanh nghiệp cần xác định đúng căn cứ pháp lý trước khi đề nghị cơ quan thuế xử lý.

Không nên tự động loại khoản tiền chậm nộp khỏi sổ theo dõi chỉ dựa trên lý do doanh nghiệp gặp khó khăn về tài chính.

Trường hợp 4: Phục hồi khoản tiền thuế nợ đã được xóa

Đối với khoản tiền thuế nợ đã được xóa nhưng sau đó được phục hồi theo quy định, cơ quan quản lý thuế không tính tiền chậm nộp trong khoảng thời gian:

Từ ngày ban hành quyết định xóa tiền thuế nợ đến ngày ban hành quyết định phục hồi tiền thuế nợ đã được xóa.

Đây là trường hợp có tính chất đặc thù và doanh nghiệp cần căn cứ vào quyết định của cơ quan có thẩm quyền để xác định chính xác thời gian.

Trường hợp 5: Hàng hóa xuất nhập khẩu cần phân tích, phân loại hoặc giám định

Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải thực hiện phân tích, phân loại hoặc giám định theo quy định của pháp luật hải quan để xác định chính xác số thuế phải nộp, khoản thuế tăng thêm trong thời gian chờ kết quả theo quy định sẽ không tính tiền chậm nộp.

Ngoài ra, Nghị định còn quy định các trường hợp liên quan đến:

Hàng hóa chưa có giá chính thức;
Khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan chưa xác định;
Thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp có hiệu lực hồi tố;
Một số trường hợp đặc thù khác đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.

Doanh nghiệp xuất nhập khẩu cần đối chiếu từng trường hợp cụ thể thay vì áp dụng chung một cách.

3. Không tính tiền chậm nộp khi bù trừ tiền thuế nộp thừa

Một điểm đáng chú ý khác là trường hợp người nộp thuế có khoản thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt nộp thừa và thực hiện bù trừ với nghĩa vụ còn nợ.

Theo điểm g khoản 3 Điều 26 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, tiền chậm nộp tương ứng với khoản được bù trừ sẽ không tính trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan thuế thực hiện bù trừ.

Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn thêm rằng ngày phát sinh khoản nộp thừa được xác định theo quy định cụ thể, trong đó về nguyên tắc là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước.

Do đó, doanh nghiệp nên kiểm tra thường xuyên số liệu nghĩa vụ thuế trên hệ thống để phát hiện khoản nộp thừa và thực hiện bù trừ đúng quy định.

4. Hồ sơ đề nghị không tính tiền chậm nộp gồm những gì?

Đối với trường hợp doanh nghiệp cung ứng hàng hóa, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước nhưng chưa được thanh toán, Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định hồ sơ đề nghị không tính tiền chậm nộp gồm:

Văn bản đề nghị không tính tiền chậm nộp theo Mẫu số 01/KTCN;
Văn bản có xác nhận của đơn vị sử dụng ngân sách nhà nước về việc chưa thanh toán theo Mẫu số 02/KTCN;
Bản sao hợp đồng cung ứng hàng hóa, dịch vụ ký với chủ đầu tư.

Đây là điểm doanh nghiệp cần chú ý. Không nên chỉ cung cấp bảng công nợ nội bộ để chứng minh việc chưa được thanh toán.

Hồ sơ phải có tài liệu phù hợp để chứng minh khoản tiền thực tế chưa được ngân sách thanh toán.

5. Quy trình giải quyết hồ sơ không tính tiền chậm nộp

Theo Điều 40 Thông tư 89/2026/TT-BTC, doanh nghiệp thực hiện theo trình tự cơ bản sau:

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ

Doanh nghiệp lập văn bản đề nghị và các tài liệu chứng minh thuộc trường hợp không tính tiền chậm nộp.

Bước 2: Gửi hồ sơ cho cơ quan thuế

Hồ sơ được gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định.

Bước 3: Cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ

Nếu hồ sơ chưa đầy đủ, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận, cơ quan thuế thông báo để người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung.

Nếu hồ sơ đầy đủ, trong thời hạn 07 ngày làm việc, cơ quan thuế ban hành thông báo chấp thuận hoặc không chấp thuận không tính tiền chậm nộp.

6. Doanh nghiệp phải làm gì sau khi được không tính tiền chậm nộp?

Được không tính tiền chậm nộp không có nghĩa là doanh nghiệp được kéo dài vô thời hạn nghĩa vụ thuế.

Đối với trường hợp chưa được thanh toán từ nguồn vốn ngân sách nhà nước, khi được đơn vị sử dụng ngân sách thanh toán, người nộp thuế có trách nhiệm nộp tiền thuế nợ vào ngân sách nhà nước chậm nhất trong ngày làm việc liền kề sau ngày được thanh toán và thông báo cho cơ quan thuế theo quy định.

Vì vậy, doanh nghiệp cần theo dõi cả hai thời điểm:

Thời điểm được cơ quan thuế chấp thuận không tính tiền chậm nộp → thời điểm thực tế nhận được tiền thanh toán.

Đây là cơ sở để xác định đúng thời gian được áp dụng chính sách.

7. Có được tự ý xóa tiền chậm nộp trên hệ thống thuế không?

Không.

Doanh nghiệp không nên tự ý loại tiền chậm nộp khỏi bảng theo dõi nghĩa vụ thuế chỉ vì cho rằng mình thuộc trường hợp được miễn tính.

Việc không tính tiền chậm nộp phải có căn cứ và được xử lý theo quy định.

Thông tư 89/2026/TT-BTC cũng quy định cơ quan thuế theo dõi, xác định và thông báo số tiền thuế nợ, tiền chậm nộp trên hệ thống quản lý thuế.

Do đó, khi thuộc trường hợp đặc biệt, doanh nghiệp nên chuẩn bị hồ sơ và thực hiện đúng trình tự thay vì tự điều chỉnh số liệu.

8. Doanh nghiệp cần lưu ý gì khi áp dụng chính sách?

Để hạn chế tranh chấp và sai sót khi cơ quan thuế kiểm tra, doanh nghiệp nên rà soát:

Một là, xác định đúng căn cứ không tính tiền chậm nộp.

Không phải mọi khoản nợ thuế đều được áp dụng chính sách.

Hai là, xác định đúng thời gian được không tính.

Thời gian không tính tiền chậm nộp phụ thuộc vào từng trường hợp cụ thể. Không nên mặc định toàn bộ thời gian nợ thuế đều được loại trừ.

Ba là, chuẩn bị hồ sơ chứng minh.

Đặc biệt với khoản phải thu từ nguồn vốn ngân sách, doanh nghiệp cần lưu giữ hợp đồng, hồ sơ nghiệm thu, xác nhận chưa thanh toán và các tài liệu liên quan.

Bốn là, đối chiếu số liệu thuế thường xuyên.

Doanh nghiệp nên kiểm tra số thuế nợ, khoản nộp thừa và tiền chậm nộp trên hệ thống quản lý thuế để kịp thời phát hiện chênh lệch.

Năm là, không tự ý điều chỉnh nghĩa vụ thuế.

Chỉ thực hiện điều chỉnh sau khi có căn cứ và kết quả xử lý theo đúng quy định.

Kết luận

Quy định về không tính tiền chậm nộp từ ngày 01/07/2026 không phải là một cơ chế miễn nợ thuế chung cho doanh nghiệp. Chính sách này chỉ áp dụng cho những trường hợp được pháp luật xác định rõ, chẳng hạn khoản phải thu từ nguồn vốn ngân sách nhà nước nhưng chưa được thanh toán, thời gian khoanh nợ, một số trường hợp đặc thù về hàng hóa xuất nhập khẩu hoặc trường hợp bù trừ khoản nộp thừa.

Vì vậy, khi phát sinh khoản nợ thuế, doanh nghiệp nên kiểm tra ngay nguyên nhân, thời gian phát sinh và hồ sơ liên quan. Nếu thuộc trường hợp được không tính tiền chậm nộp, việc chuẩn bị đúng hồ sơ ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp tránh phải giải trình nhiều lần và hạn chế phát sinh chi phí không cần thiết.