Thủ tục hải quan khi doanh nghiệp chế xuất bán hàng vào nội địa từ 01/02/2026: Những điểm mới doanh nghiệp cần biết

Doanh nghiệp chế xuất bán hàng vào thị trường nội địa không còn là hoạt động hiếm gặp. Tuy nhiên, vì doanh nghiệp chế xuất (DNCX) được áp dụng cơ chế riêng về hải quan, nên chỉ một sai sót trong việc mở tờ khai, khai thông tin hoặc giao hàng cũng có thể khiến doanh nghiệp gặp rủi ro về thủ tục.

Từ ngày 01/02/2026, quy định về thủ tục hải quan đối với hàng hóa mua, bán, thuê, mượn giữa DNCX và doanh nghiệp nội địa được thực hiện theo Điều 75 Thông tư 38/2015/TT-BTC, đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 46 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC.

Thông tư 121/2025/TT-BTC được Bộ Tài chính ban hành ngày 18/12/2025 và chính thức có hiệu lực từ ngày 01/02/2026. Hiện văn bản vẫn còn hiệu lực.

Điểm đáng chú ý là thủ tục mới quy định rõ trách nhiệm của cả doanh nghiệp xuất khẩu, doanh nghiệp nhập khẩu và cơ quan hải quan, đồng thời đặt ra nguyên tắc một tờ khai xuất khẩu tương ứng với một tờ khai nhập khẩu.

Doanh nghiệp chế xuất bán hàng vào nội địa được xem là quan hệ xuất nhập khẩu

Về nguyên tắc, quan hệ trao đổi hàng hóa giữa DNCX với khu vực nội địa được xác định theo cơ chế xuất khẩu, nhập khẩu, trừ các trường hợp được pháp luật quy định khác.

Do đó, khi DNCX bán hàng cho doanh nghiệp nội địa, hai bên không nên chỉ hiểu đơn giản đây là một giao dịch mua bán trong lãnh thổ Việt Nam. Hoạt động này có thể phát sinh thủ tục hải quan tương ứng.

Theo quy định được sửa đổi tại Điều 75 Thông tư 38/2015/TT-BTC, đối với hàng hóa mua, bán, thuê hoặc mượn giữa DNCX và doanh nghiệp nội địa:

Doanh nghiệp xuất khẩu thực hiện thủ tục hải quan xuất khẩu;
Doanh nghiệp nhập khẩu thực hiện thủ tục hải quan nhập khẩu;
Việc khai báo được thực hiện theo loại hình phù hợp;
Một tờ khai xuất khẩu chỉ tương ứng với một tờ khai nhập khẩu và ngược lại.

Quy định này đòi hỏi hai bên phải phối hợp chặt chẽ ngay từ khi ký kết hợp đồng và chuẩn bị giao hàng.

Thời hạn làm thủ tục nhập khẩu: Cần đặc biệt lưu ý mốc 15 ngày

Một trong những nội dung doanh nghiệp cần quan tâm là thời hạn thực hiện thủ tục hải quan.

Theo quy định mới, trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày hàng hóa xuất khẩu được thông quan hoặc giải phóng hàng, người nhập khẩu phải thực hiện thủ tục hải quan nhập khẩu.

Đây là mốc thời gian quan trọng đối với cả hai bên.

Nếu doanh nghiệp nội địa chậm mở tờ khai nhập khẩu đối ứng, giao dịch có thể phát sinh vướng mắc. Theo quy định tại Điều 75 được sửa đổi, khi quá thời hạn 15 ngày mà người nhập khẩu chưa đăng ký tờ khai nhập khẩu tương ứng, cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu thực hiện xử lý tờ khai xuất khẩu theo quy định về hủy tờ khai.

Vì vậy, DNCX không nên chỉ hoàn thành phần việc của mình rồi chờ đối tác xử lý. Hai doanh nghiệp cần thống nhất rõ đầu mối, thời gian mở tờ khai và kế hoạch giao nhận hàng.

Doanh nghiệp xuất khẩu phải thực hiện những gì?

Đối với bên xuất khẩu, bao gồm trường hợp DNCX bán hàng cho doanh nghiệp nội địa, doanh nghiệp cần thực hiện các bước cơ bản sau.

1. Khai thông tin trên tờ khai xuất khẩu

Khi khai tờ khai hải quan xuất khẩu, doanh nghiệp phải khai mã địa điểm của cơ quan hải quan nơi thực hiện thủ tục nhập khẩu tại chỉ tiêu “Điểm đích cho vận chuyển bảo thuế”.

Đồng thời, doanh nghiệp khai thông tin “#&XKPTQ” tại chỉ tiêu “Số quản lý của nội bộ doanh nghiệp” trên tờ khai điện tử.

Trường hợp sử dụng tờ khai hải quan giấy, thông tin này được thể hiện tại chỉ tiêu “Ghi chép khác”.

Việc khai đúng các chỉ tiêu này rất quan trọng để hệ thống và cơ quan hải quan xác định mối liên kết giữa tờ khai xuất khẩu và tờ khai nhập khẩu đối ứng.

2. Thực hiện thủ tục xuất khẩu theo quy định

Doanh nghiệp thực hiện thủ tục xuất khẩu hàng hóa theo quy định của pháp luật về hải quan.

Một điểm thực tế đáng chú ý là khi làm thủ tục, nếu doanh nghiệp chưa phát hành được hóa đơn bán hàng hoặc hóa đơn giá trị gia tăng, doanh nghiệp có thể sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ thay cho hóa đơn trong hồ sơ hải quan theo quy định.

Tuy nhiên, doanh nghiệp cần tiếp tục thực hiện nghĩa vụ về hóa đơn, chứng từ theo đúng quy định pháp luật hiện hành.

3. Thông báo cho doanh nghiệp nhập khẩu

Sau khi hoàn thành thủ tục xuất khẩu, doanh nghiệp phải thông báo để bên nhập khẩu thực hiện phần thủ tục của mình.

Đây là bước tưởng như đơn giản nhưng lại rất quan trọng. Nếu hai bên không trao đổi thông tin tờ khai kịp thời, doanh nghiệp nhập khẩu có thể gặp khó khăn khi thực hiện thủ tục đối ứng.

4. Không giao hàng quá sớm

Theo quy định mới, doanh nghiệp chỉ giao hàng sau khi doanh nghiệp nhập khẩu đã đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu tương ứng.

Do đó, doanh nghiệp cần thay đổi quy trình giao nhận nếu trước đây vẫn có thói quen xuất hàng trước rồi hoàn thiện thủ tục sau.

Doanh nghiệp nội địa nhập hàng từ DNCX cần làm gì?

Về phía doanh nghiệp nội địa mua hàng từ DNCX, trách nhiệm cũng được quy định khá cụ thể.

Khai tờ khai nhập khẩu đúng thời hạn

Doanh nghiệp nhập khẩu phải đăng ký tờ khai trong thời hạn quy định.

Trên tờ khai nhập khẩu, doanh nghiệp cần khai thông tin:

“#&NKPTQ#& Số tờ khai xuất khẩu tương ứng của doanh nghiệp xuất khẩu”

Theo hướng dẫn, thông tin số tờ khai xuất khẩu được khai theo định dạng quy định trên hệ thống.

Việc khai đúng thông tin liên kết này giúp cơ quan hải quan đối chiếu giữa giao dịch xuất khẩu và nhập khẩu.

Nộp hóa đơn theo quy định

Khi thực hiện thủ tục nhập khẩu, doanh nghiệp sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn bán hàng theo quy định về hóa đơn, chứng từ để thay cho hóa đơn thương mại trong hồ sơ hải quan.

Đây cũng là điểm doanh nghiệp kế toán và bộ phận xuất nhập khẩu cần phối hợp chặt chẽ.

Một bên chuẩn bị tờ khai nhưng hóa đơn chưa được xử lý đúng thời điểm có thể làm chậm cả quá trình thông quan.

Chỉ đưa hàng vào sản xuất hoặc tiêu thụ sau khi hoàn thành thủ tục

Hàng hóa chỉ được đưa vào sản xuất hoặc tiêu thụ sau khi đã được thông quan hoặc giải phóng hàng.

Doanh nghiệp nội địa cần lưu ý quy định này trong kế hoạch sản xuất, giao hàng và quản lý kho.

Đặc biệt với doanh nghiệp mua nguyên liệu, linh kiện từ DNCX để phục vụ đơn hàng gấp, việc chủ động kế hoạch thủ tục hải quan là rất cần thiết.

Cơ quan hải quan xử lý tờ khai như thế nào?

Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu thực hiện thủ tục theo quy định chung.

Trường hợp đã quá 15 ngày kể từ ngày tờ khai xuất khẩu được thông quan nhưng chưa có tờ khai nhập khẩu đối ứng, cơ quan hải quan sẽ xử lý theo quy định về hủy tờ khai.

Trong khi đó, cơ quan hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu sẽ tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ dựa trên kết quả phân luồng của hệ thống.

Một điểm đáng chú ý là nếu hàng hóa phải kiểm tra thực tế nhưng trước đó đã được kiểm tra tại cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu, cơ quan hải quan nơi nhập khẩu có thể xem xét chuyển luồng vàng và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa theo thẩm quyền và quy định áp dụng.

DNCX có được bán tài sản đã qua sử dụng vào nội địa không?

Bên cạnh hàng hóa sản xuất, nhiều DNCX cũng quan tâm đến việc thanh lý máy móc, thiết bị hoặc tài sản đã qua sử dụng.

Theo quy định về DNCX tại Nghị định 35/2022/NĐ-CP, DNCX được bán, thanh lý vào thị trường nội địa đối với tài sản đã qua sử dụng và hàng hóa trong phạm vi pháp luật cho phép.

Tuy nhiên, một số loại hàng hóa vẫn có thể phải đáp ứng điều kiện quản lý chuyên ngành.

Ví dụ, đối với hàng hóa thuộc diện quản lý theo điều kiện, tiêu chuẩn hoặc kiểm tra chuyên ngành chưa thực hiện khi nhập khẩu, doanh nghiệp cần xem xét điều kiện tương ứng. Trường hợp hàng hóa thuộc diện quản lý bằng giấy phép, việc bán vào nội địa cần đáp ứng yêu cầu về giấy phép theo quy định pháp luật.

Vì vậy, trước khi thanh lý máy móc hoặc tài sản vào thị trường nội địa, doanh nghiệp nên kiểm tra rõ tình trạng pháp lý của hàng hóa thay vì chỉ căn cứ vào việc đây là tài sản đã qua sử dụng.

Doanh nghiệp cần lưu ý gì để tránh vướng mắc?

Từ quy định mới, có thể thấy hoạt động bán hàng của DNCX vào nội địa đòi hỏi sự phối hợp giữa ít nhất ba bộ phận: xuất nhập khẩu, kế toán và kho vận.

Doanh nghiệp nên chủ động xây dựng quy trình nội bộ với các bước:

Xác định đúng loại hình hải quan trước khi giao dịch;
Kiểm tra điều kiện nhập khẩu của hàng hóa;
Thống nhất trước thông tin giữa DNCX và doanh nghiệp nội địa;
Chuẩn bị hóa đơn hoặc Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ theo từng trường hợp;
Theo dõi chặt mốc 15 ngày;
Đối chiếu tờ khai xuất khẩu và nhập khẩu theo nguyên tắc một đối một;
Chỉ thực hiện giao hàng, đưa hàng vào sản xuất hoặc tiêu thụ khi đáp ứng điều kiện theo quy định.

Một lỗi nhỏ trong việc khai chỉ tiêu hoặc chậm đăng ký tờ khai đối ứng có thể ảnh hưởng đến tiến độ giao hàng và hồ sơ hải quan của cả hai bên.

Kết luận

Từ 01/02/2026, thủ tục hải quan đối với hàng hóa mua, bán, thuê, mượn giữa doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp nội địa được thực hiện theo quy định mới tại Điều 75 Thông tư 38/2015/TT-BTC, được sửa đổi bởi khoản 46 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC.

Qua rà soát, căn cứ pháp lý và thời điểm áp dụng trong nội dung gốc là chính xác: Thông tư 121/2025/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/02/2026 và hiện còn hiệu lực. Nội dung sửa đổi Điều 75 cũng xác định rõ cơ chế thực hiện thủ tục đối với giao dịch giữa DNCX và doanh nghiệp nội địa.

Điểm doanh nghiệp cần nhớ nhất là: một tờ khai xuất khẩu tương ứng với một tờ khai nhập khẩu, doanh nghiệp nhập khẩu phải thực hiện thủ tục trong thời hạn quy định, đồng thời hai bên cần phối hợp chặt chẽ trước khi giao nhận hàng.