Hợp đồng hợp tác kinh doanh (BCC) có thể phát sinh nhiều vấn đề về thuế như đăng ký mã số thuế, xuất hóa đơn, xác định doanh thu, chi phí được trừ và kê khai thuế. Công văn 43669/HAN-QLDN4 của Thuế TP Hà Nội đã hướng dẫn một số nội dung đáng chú ý đối với hoạt động này.
Ngày 24/8/2026, Thuế TP Hà Nội ban hành Công văn 43669/HAN-QLDN4 về việc hướng dẫn đăng ký cấp mã số thuế, xuất hóa đơn, kê khai thuế và xác định chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh với tổ chức.
Đây là vấn đề doanh nghiệp cần quan tâm khi lựa chọn mô hình BCC, bởi cách phân chia doanh thu, sản phẩm hoặc lợi nhuận sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến cách xác định nghĩa vụ thuế của từng bên.
1. Công văn 43669/HAN-QLDN4 hướng dẫn những nội dung gì?
Công văn được Thuế TP Hà Nội ban hành trên cơ sở đề nghị hướng dẫn của Chi nhánh Công ty cổ phần y học Vĩnh Thiện – Bệnh viện Đại học Phenikaa liên quan đến hợp đồng hợp tác kinh doanh với tổ chức.
Các nội dung được đề cập chủ yếu gồm:
- Đăng ký cấp mã số thuế đối với hợp đồng BCC;
- Xuất hóa đơn trong quá trình hợp tác;
- Xác định doanh thu, thu nhập từ hợp đồng BCC;
- Xác định chi phí được trừ khi tính thuế TNDN;
- Kê khai thuế đối với các bên tham gia hợp tác kinh doanh.
Trong đó, vấn đề đăng ký mã số thuế cho hợp đồng hợp tác kinh doanh với tổ chức chưa có hướng dẫn cuối cùng tại thời điểm ban hành công văn. Thuế TP Hà Nội cho biết đang báo cáo, xin ý kiến Cục Thuế trước khi có hướng dẫn cụ thể.
Đây là điểm doanh nghiệp cần lưu ý, tránh tự áp dụng một cách máy móc khi chưa có hướng dẫn chính thức cho trường hợp cụ thể.
2. Thu nhập từ hợp đồng hợp tác kinh doanh được xác định thế nào?
Theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP, thu nhập từ hợp đồng hợp tác kinh doanh được xác định bằng tổng doanh thu theo hợp đồng BCC trừ tổng chi phí liên quan đến việc tạo ra doanh thu của hợp đồng. Nghị định này hiện vẫn còn hiệu lực.
Điểm đáng chú ý là phương pháp xác định doanh thu tính thuế phụ thuộc vào cách các bên thỏa thuận phân chia kết quả kinh doanh.
Trường hợp phân chia bằng doanh thu
Nếu các bên thỏa thuận phân chia kết quả kinh doanh bằng doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, doanh thu tính thuế của từng bên là phần doanh thu được chia theo hợp đồng BCC.
Điều này đòi hỏi doanh nghiệp phải theo dõi rõ tỷ lệ hoặc phương thức phân chia đã thống nhất ngay từ khi ký hợp đồng.
Trường hợp phân chia bằng sản phẩm
Nếu kết quả hợp tác được phân chia bằng sản phẩm, doanh thu tính thuế được xác định trên doanh thu của số sản phẩm được chia cho từng bên theo hợp đồng.
Do đó, hồ sơ nghiệm thu, xác nhận sản lượng và các tài liệu xác định giá trị sản phẩm cần được lưu trữ đầy đủ.
Trường hợp phân chia bằng lợi nhuận trước thuế
Nếu các bên phân chia kết quả kinh doanh bằng lợi nhuận trước thuế, các bên phải cử một bên làm đại diện.
Bên đại diện có trách nhiệm:
- Xuất hóa đơn;
- Ghi nhận doanh thu;
- Ghi nhận chi phí;
- Xác định lợi nhuận trước thuế TNDN;
- Xác định phần lợi nhuận được chia cho từng bên.
Sau đó, mỗi bên tự thực hiện nghĩa vụ thuế TNDN đối với phần thu nhập được hưởng theo quy định.
Trường hợp phân chia bằng lợi nhuận sau thuế
Đối với trường hợp phân chia kết quả bằng lợi nhuận sau thuế TNDN, các bên cũng phải cử một bên đại diện thực hiện việc xuất hóa đơn, ghi nhận doanh thu, chi phí và kê khai, nộp thuế TNDN theo quy định áp dụng cho trường hợp này.
Vì vậy, ngay khi xây dựng hợp đồng BCC, doanh nghiệp nên xác định rõ cách phân chia kết quả kinh doanh và trách nhiệm thuế của từng bên.
3. Chi phí của hợp đồng BCC có được trừ khi tính thuế TNDN?
Đây là nội dung kế toán – thuế doanh nghiệp cần đặc biệt quan tâm.
Theo hướng dẫn được Công văn 43669 viện dẫn, việc xác định chi phí được trừ khi tính thuế TNDN thực hiện theo Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.
Về nguyên tắc, khoản chi cần đáp ứng các điều kiện theo pháp luật thuế TNDN, trong đó cần chú ý:
- Khoản chi thực tế phát sinh và liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh;
- Có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp;
- Đáp ứng điều kiện về thanh toán không dùng tiền mặt đối với trường hợp pháp luật yêu cầu.
Do đó, doanh nghiệp tham gia BCC không nên chỉ quan tâm đến việc chia doanh thu hoặc lợi nhuận mà cần xây dựng cơ chế tập hợp, kiểm soát và lưu trữ chi phí ngay từ đầu.
Một khoản chi phát sinh thực tế nhưng thiếu hồ sơ hoặc không đáp ứng điều kiện theo quy định vẫn có thể gặp rủi ro khi xác định thu nhập chịu thuế.
4. Xuất hóa đơn đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh
Hoạt động BCC cũng đặt ra câu hỏi: Bên nào phải xuất hóa đơn cho khách hàng?
Theo Công văn 43669, việc xuất hóa đơn được thực hiện theo quy định về hóa đơn điện tử, trong đó có quy định tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Nghị định 254/2026/NĐ-CP hiện quy định chi tiết về hóa đơn điện tử và có bổ sung quy định liên quan đến hóa đơn trong hoạt động hợp đồng hợp tác kinh doanh.
Cách xử lý hóa đơn cần căn cứ vào phương thức hợp tác và thỏa thuận thực tế giữa các bên.
Phân chia doanh thu
Nếu các bên phân chia doanh thu và thống nhất một bên đại diện xuất hóa đơn cho khách hàng, việc lập hóa đơn và phân chia doanh thu giữa các bên phải được thực hiện phù hợp với hợp đồng BCC và quy định về hóa đơn.
Phân chia chi phí
Nếu các bên thống nhất một bên đại diện nhận hóa đơn từ nhà cung cấp, doanh nghiệp cần có hồ sơ thể hiện rõ khoản chi thuộc hoạt động BCC và trách nhiệm phân bổ chi phí giữa các bên.
Đây là phần rất dễ phát sinh chênh lệch giữa hợp đồng – hóa đơn – sổ kế toán – tờ khai thuế, vì vậy kế toán cần kiểm tra tính thống nhất của cả bốn nhóm hồ sơ.
5. Kê khai thuế đối với hoạt động BCC thực hiện thế nào?
Ngoài việc xác định doanh thu và chi phí, doanh nghiệp còn phải xác định đúng chủ thể thực hiện kê khai thuế.
Công văn 43669 dẫn quy định về trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc hạch toán độc lập. Theo đó, đơn vị trực thuộc hạch toán độc lập thực hiện nộp hồ sơ khai thuế TNDN phát sinh tại đơn vị cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị đó.
Đối với thuế GTGT, việc kê khai cần căn cứ vào mô hình tổ chức, địa điểm hoạt động và tình trạng đăng ký thuế của từng đơn vị.
Vì vậy, doanh nghiệp không nên mặc định rằng mọi hoạt động BCC đều kê khai tập trung tại trụ sở chính. Cần kiểm tra tư cách của từng bên, cách tổ chức hoạt động và phương thức hạch toán thực tế trước khi xác định nơi nộp hồ sơ.
6. Đăng ký mã số thuế cho hợp đồng BCC: Doanh nghiệp cần chờ hướng dẫn?
Đây là một trong những điểm đáng chú ý nhất của Công văn 43669/HAN-QLDN4.
Đối với đề nghị cấp mã số thuế cho hợp đồng hợp tác kinh doanh với tổ chức, Thuế TP Hà Nội chưa đưa ra kết luận cuối cùng mà cho biết đang báo cáo và xin ý kiến Cục Thuế. Sau khi có ý kiến, cơ quan thuế sẽ thông báo để đơn vị thực hiện.
Do đó, doanh nghiệp đang triển khai BCC cần phân biệt rõ:
Quy định đã có về doanh thu, chi phí, hóa đơn và nghĩa vụ thuế phải được thực hiện theo văn bản pháp luật hiện hành.
Trong khi đó, nội dung chưa có hướng dẫn cuối cùng thì không nên tự suy diễn hoặc áp dụng theo một trường hợp khác nếu chưa xác định được cơ sở pháp lý phù hợp.
7. Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ gì khi thực hiện BCC?
Để hạn chế rủi ro khi quyết toán hoặc kiểm tra thuế, doanh nghiệp nên xây dựng một bộ hồ sơ riêng cho từng hợp đồng hợp tác kinh doanh.
Các tài liệu nên được quản lý thống nhất gồm:
- Hợp đồng BCC và các phụ lục;
- Hồ sơ xác định tỷ lệ hoặc phương thức phân chia kết quả;
- Biên bản nghiệm thu, xác nhận sản lượng hoặc doanh thu;
- Hóa đơn đầu vào, đầu ra;
- Chứng từ thanh toán;
- Bảng phân bổ doanh thu, chi phí;
- Hồ sơ xác định lợi nhuận được chia;
- Chứng từ kê khai và nộp thuế;
- Biên bản đối chiếu số liệu giữa các bên.
Đặc biệt, hợp đồng BCC cần thống nhất với cách doanh nghiệp thực tế xuất hóa đơn, ghi nhận doanh thu và tập hợp chi phí. Nếu hợp đồng quy định một cách nhưng sổ kế toán và hóa đơn thể hiện cách khác, doanh nghiệp sẽ gặp khó khăn khi giải trình.
8. Những rủi ro thuế doanh nghiệp cần tránh khi hợp tác BCC
BCC không phải là mô hình mới, nhưng mỗi hợp đồng có thể có cách phân chia doanh thu, sản phẩm hoặc lợi nhuận khác nhau. Vì vậy, rủi ro thường nằm ở việc doanh nghiệp áp dụng một phương pháp chung cho mọi hợp đồng.
Một số vấn đề cần rà soát gồm:
Thứ nhất, xác định sai doanh thu tính thuế.
Doanh nghiệp cần căn cứ đúng phương thức phân chia được quy định trong hợp đồng.
Thứ hai, tập hợp chi phí thiếu hồ sơ.
Các khoản chi phục vụ BCC cần có căn cứ chứng minh mối liên hệ với hoạt động kinh doanh và đáp ứng điều kiện về hóa đơn, chứng từ, thanh toán.
Thứ ba, xác định sai bên xuất hóa đơn.
Việc này có thể dẫn đến chênh lệch giữa doanh thu thực tế, hóa đơn và số liệu kê khai.
Thứ tư, chưa thống nhất trách nhiệm thuế giữa các bên.
Ngay từ khi ký hợp đồng, doanh nghiệp nên quy định rõ bên đại diện, trách nhiệm lập hóa đơn, ghi nhận doanh thu, tập hợp chi phí và thực hiện nghĩa vụ thuế.
9. Doanh nghiệp cần lưu ý gì từ Công văn 43669?
Từ hướng dẫn của Thuế TP Hà Nội, doanh nghiệp có hoạt động BCC nên rà soát lại hợp đồng theo một quy trình thống nhất:
Hợp đồng → phương thức phân chia → doanh thu, chi phí → hóa đơn → kê khai thuế.
Nếu một trong các khâu này không thống nhất, số liệu kế toán và thuế có thể phát sinh chênh lệch.
Đặc biệt, doanh nghiệp cần lưu ý rằng Công văn 43669 là văn bản hướng dẫn đối với trường hợp cụ thể được đề nghị, trong đó một số vấn đề vẫn đang chờ ý kiến của Cục Thuế. Vì vậy, khi áp dụng cho hợp đồng BCC khác, cần đối chiếu thêm với nội dung hợp đồng và các quy định pháp luật có liên quan.
Kết luận
Hợp đồng hợp tác kinh doanh không chỉ là thỏa thuận giữa các bên về việc cùng khai thác một hoạt động kinh doanh. Khi BCC phát sinh doanh thu, chi phí và lợi nhuận, doanh nghiệp phải đồng thời giải quyết nhiều vấn đề về hóa đơn, kế toán và thuế.
Công văn 43669/HAN-QLDN4 giúp doanh nghiệp có thêm cơ sở tham khảo khi xử lý các nội dung liên quan đến BCC, đặc biệt là cách xác định thu nhập, chi phí được trừ, xuất hóa đơn và kê khai thuế. Riêng việc đăng ký mã số thuế cho hợp đồng BCC với tổ chức vẫn đang chờ ý kiến của Cục Thuế, nên doanh nghiệp cần theo dõi hướng dẫn tiếp theo thay vì tự áp dụng khi chưa có căn cứ rõ ràng.
Với những hợp đồng có giá trị lớn hoặc phương thức phân chia phức tạp, kế toán nên rà soát ngay từ giai đoạn soạn thảo hợp đồng để bảo đảm thỏa thuận thương mại và cách xử lý thuế đi cùng một hướng. Đây là cách đơn giản nhưng quan trọng để hạn chế việc phải điều chỉnh hóa đơn, doanh thu hoặc chi phí khi đã phát sinh giao dịch.
Liên Hệ Ngay Để Được Tư Vấn Miễn Phí!
🔹 Trí Đức EMC – Đối tác tài chính đáng tin cậy của doanh nghiệp!
📍 Địa chỉ: KĐT Vinhomes Ocean Park, Gia Lâm, Hà Nội
📞 Hotline: 098 333 7438
📧 Email: tuvanquanlytriduc@gmail.com
👉 Khám phá thêm về kế toán thuế tại triducemc.vn, nền tảng tư vấn chiến lược kinh doanh & hoạch định tài chính chuyên sâu.
